观想时三要点要合一，而且心气要流畅整个脊椎，随着普巴杵的转动，气旋转着向四面射出去，气的极致即是光明，光明中又有无数的普巴杵射向无尽的虚空中。
如此观想，若自身觉得有障碍时，可以再恢复到前面所学的基础观法，将普巴金刚现在己身面前修持，等到基础稳固、心气顺畅时，再将普巴金刚收回到自身上。
有时行者不可受一个观想法的局限，应视实际情况需要，应变调整选用上述合适的观想法来修持。
刚开始修持时，要先随意唱诵让身心宽松，当心气调顺后，再随心力所及观想安住，一直到身心安稳、轻安、清净自在。观想的重点是不要把本尊当作是如人体般，而要把他当成是由功德智能气所组成的光体。
修持普巴金刚法是本人从头到尾皆动，但心不可动，而是观想在气脉内。
当住心普巴杵在中脉内转动时，此时动中有静，脊椎会发热爆发出某种爆发力，此时静中有动。
此内心不动即是安住，安住即能住气，能住气才能聚气，如是才能收摄一切念头，令心长久安定在更深沉，更微细之处。
应知禅定与观想并不相冲突，因为住气摄心到极限时，会生起住而不住，无所住而生其心的境界。故安住在气里住而不住，连安住点也没有了，随着身心的松弛，气就会愈深沉。
此刻唯有完全投入、融入安住在本尊慈悲光气里，以其誓愿力、功德力加持的境界中，一直松开，一直放下思绪、烦恼、我执的情境中，一直到无所放，完全投入在无所住而生其心的境界中。
普巴金刚法修观完毕时的观想要点有两点，一是将全部普巴杵收摄回到身上每一毛细孔中。
二是观想自己成为普巴金刚。
普巴金刚秘传的修本心法，首先观想心轮中，由空性现一黑蓝色“吽”字，从“吽”字发出非常明亮之五彩智能光。
剎那间自身转化本尊，普巴金刚心化本尊之心。
普巴身现蓝色，具有三头、六臂、四足、双翅，每一头有三眼共九眼。
面涂三色，表三毒清净。
右头白色，表文殊菩萨之忿怒相－－大威德金刚，为诸佛身的代表。
左头红色，代表阿弥陀佛(或观音菩萨)之忿怒相－－马头明王，为诸佛语的代表。
中间黑蓝色，表大势至菩萨之忿怒相－－金刚手菩萨，为诸佛意的代表。
每头内各有四双獠牙突出、二牙向上、背后生出翅膀，好象非常锐利的剑身。
背后燃烧着代表智能的火焰。
右第一手持天铁制九股金刚杵。
铁质象征忿怒、九股表尽三界九乘一切众生。
右第二手持金制五股杵。
金的材质象征喜乐、五股表转五毒成五智。