普巴金刚头有三面，正面是蓝色金刚手菩萨，也就是金刚萨埵，配属金刚部；右边是白色大威德明王，配属莲花部；左边是红色马头明王，配属宝部。
普巴金刚有单身及双身两种，分别代表生起次第及圆满次第修持法的本尊。
如果示现单身者，手上一定会拿一个“卡章巴”，也就是人头骨，以表双身空有不二的圆满义。
像东密每尊本尊都配属有一尊佛母，亦是用来表达双身圆满的理趣。
普巴金刚右手拿的是九股杵、五股杵；左手拿的是火焰、“卡章巴”；中间双手捧持的是普巴金刚杵。
右脚踏着一男，左脚踏着一女，代表降伏空有偏执，男表有，女表空。
手上抱着佛母，全身是蓝色的，右手拿“卡章巴”及左手拿嚘巴拉，也就是头盖骨，装甘露的法器。
普巴金刚杵头上有代表佛部的五股杵、马头明王、猪头等多种造型。
普巴金刚现忿怒像，黑兰色，修观本尊，以其充满精力的佛行事业和独特的除障能力著名。
从前藏密刚传入时，曾一度怀疑普巴金刚法是苯教所传的外道，后来萨迦法王取出梵本证明此法不虚，才平了众人之疑。
古代藏密，以普巴金刚为主要本尊，而弘扬普巴法统，宁玛巴与萨加巴特重视之。
元一前世曾经得到过萨迦巴上师指点，便学习过完整的普巴金刚法门。
修持时，普巴金刚的形象及手上拿的法器、心中观想黑色种字“hum”等都要观得非常清楚。
修持密宗的人，往生后眉间骨是烧不坏的，因为他们观想都是在眉间骨处。
修到最后要能现出普巴金刚的高大身及吽字变现无量无边的普巴金刚杵射出去，最后得虹光成就。
全身转化成虹光的主要关键在于能量的转换，在于如何将能量聚集在身体的某个点，然后分解、释放；而能量聚集的最基本法是观种字、咒鬘，将能量慢慢集中，归入气脉。
然而，轮脉的开发，依不同的本尊有不同的轮脉修持。
所谓的观想是在轻松的状态下观想，让心慢慢地沉净下来，然后利用观想把身体的能量，聚集在某个部位。
当确实能掌握时，再善用这股能量来开发身体，此是每位修行者必经的重要过程。
修持普巴金刚法前，一定要先修金刚萨埵百字明，此两者有相互为用密切的连带关系。
在转普巴金刚杵时，要想自己是普巴金刚。
其次第如下：
先，普巴金刚杵正面向前（舌头伸出者即是）。
次，左右转，一边转动，一边诵持普巴金刚咒。