出兵讨伐高句丽一事就这样定了下来，但出兵一事非同儿戏，兵马的调动，粮草后勤等，这些准备都需要时间。
没有个一年半载是无法出兵讨伐高句丽。
自百济叛乱平定之后，百济经兵火战乱，百济受到严重破坏，就连房屋多是残缺不全，到处都能见到死者的尸体，刘仁轨命人死者的骸骨掩埋。
命人对百济人民重新登记户籍，设置官署任命官员，治理村落，修路架桥，修补堤堰，恢复陂塘，鼓励百济人民种田养蚕等农业生产。
救济贫困人家，并赡养孤寡老人，替他们建立唐朝的土、谷神坛，颁布唐朝历法和已故皇帝名讳。
百济人民因为生活便好而感到十分高兴，全境各安其业。
然后刘仁轨又尽心尽力去治理屯田，储备粮食，训练士卒，为进一步图谋高句丽而做准备。
李承乾下诏，让刘仁轨镇守百济，一切事务全部交由刘仁轨，召孙仁师和刘仁愿回朝复命。
白江口一战之后，倭国大败，彻底领教了唐军的厉害，倭国国王天智国王被吓得不轻，时常担心唐军会渡海而来消灭他小小的倭国。
刚好，此时唐朝的使臣抵达倭国，质问倭国国王，天智国王不得不低头认罪。
于是，在大臣的建议下，天智国王派出遣唐使和唐朝使臣一同前往大唐谢罪，并学习唐朝的文化。
六月，大明宫彻底完工，李承乾便下令从太极宫搬迁到大明宫居住，将太极宫称为西内，二十五日开始在紫宸殿听政。
“陛下！左骁卫将军刘仁愿已经回到长安。”王泉向李承乾禀报。
“刘仁愿他们回来了！现在人在哪里？”李承乾问道。
“刘仁愿正在殿外侯着，等待陛下您的召见。”王泉说道。
“那便宣他进来！”李承乾道。
“宣左骁卫将军刘仁愿觐见!”王泉领命转身朝殿外喊道。
刘仁愿听见传唤，急忙整理好衣冠，走了进来，见到李承乾之后，行礼道：“臣刘仁愿拜见陛下！”
“免礼平身，赐座！”李承乾道。
“谢陛下！”刘仁愿谢恩起身，自有宦官给他搬来把椅子，放到一旁让刘仁愿坐。
“这次平定百济叛乱，又在白江口一战击溃数倍与己方的倭国武士，你的功劳不小，朕要好好的赏赐你，擢升左骁卫大将军，赏赐锦帛百匹，御马一匹，你的子孙入弘文馆读书。”李承乾道。
“臣谢主隆恩！”刘仁愿急忙起身行礼谢恩道：“陛下！此次能够平定百济叛乱，击溃倭国武士，这并非臣一人之功劳。”
“检校带方州刺史刘仁轨指挥有度，才能这般顺利平定百济叛乱和击溃倭国武士，刘仁轨理应头功。”
“你能够不居功自傲，将他人的功劳居为所有，朕甚悦！”李承乾道。
“非臣的功劳，臣不敢贪功！”刘仁愿道。